El prepirineo es un territorio extremadamente diverso. Gracias a las diferencias climáticas entre las diferentes zonas que lo componen, es posible encontrar ecosistemas muy diferenciados entre sí. Fruto de esta diversidad, es posible observar una gran cantidad de especies botánicas.
Entre los hábitats más característicos encontrarás carrascales o bosques de encinas. coscojares y quejigares, además de diversos pinares, abetales y hayedos, estos últimos localizados en la vertiente atlántica de las diferentes sierras prepirenaicas. En el paisaje destacan dos especies de matorral como el boj y el erizón, siempre presentes en las zonas más áridas. Los roquedos calizos y de conglomerado acompañan al resto de especies, formando parte de las excepcionales formaciones geológicas del Prepirineo.